L' HLA (human leukocyte antigen) fa parte di un sistema che è responsabile dell'individuazione degli antigeni estranei. L' HLA in poche parole avvisa il sistema immunitario che un agente estraneo è entrato nel nostro corpo, il quale si attiva di conseguenza per annientare o fermare l'ospite indesiderato. Nel soggetto predisposto alla celiachia HLA individua il glutine come agente estraneo attivando il sistema immunitario. Non tutte le persone predisposte sono celiache o intolleranti al glutine. I soggetti celiaci, infatti, oltre a riconoscere tramite HLA il glutine come soggetto estraneo, sviluppano dei particolari anticorpi che aggrediscono anche i villi intestinali. Lo sviluppo di tali anticorpi avviene sia per particolari condizioni immunologgiche dell'individuo, ma anche per l'effetto di alcune cause scatenanti come: vaccinazioni, mercurio, palladio etc. La digestione del glutine comincia al livello dello stomaco, in cui il complesso proteico del glutine viene spezzato in sub-unità di dimensioni inferiori: Le Gliadine, nel frumento, le Orzine nell'orzo, le segaline nella segala, Le avenine nell'avena.



Le Gliadine, orzine, segaline e avenine sono componenti di queste sub-unità che vengono ulteriormente scisse nell'intestino tenue in frammenti sempre più piccoli. Uno di questi frammenti, il peptide 31-49, viene individuato dall'HLA della mucosa intestinale come agente nocivo per cui si attiva la risposta immunitari e vengono attivati gli anticorpi. I linfociti T liberano delle sostanze tossiche per attivare i linfociti killer i quali attaccano i villi della mucosa intestinale deputati all'assorbimento dei nutrienti. I villi progressivamente si atrofizzano si livellano e non sono più capaci di assorbire i nutrienti per cui insorgono una serie di problemi