Quando il celiaco non ha sintomi, ma si è in presenza di una alterazione della mucosa intestinale, la Celiachia è chiamata silente. Nei soggetti affetti da celiachia silente, il danno della mucosa è circoscritto a una parte dell'intestino, mentre il rimanente tratto dell'intestino continua a funzionare. L'organismo trova una sorta di equilibrio con la malattia che però non si arresta ma continua a danneggiare l'intestino.



Con il passare del tempo se la celiachia non è curata possono insorgere problemi più gravi quali: la sprue refrattaria in cui l'organismo non reagisce più neanche alla dieta senza glutine; la digiuno-ileite ulcerativa, in cui la mucosa intestinale è lesionata e l'ipofunzionalità della milza; linfoma intestinale e tumori di bocca, faringe e/o esofago.